120ياد شده كه از همان ابتدا به صورت مسجد ومقبره بود، در سال 1125 قمرى مورد بازسازى قرار گرفت و در سال 1323 قمرى به وسيله ميرزا على‌اصغر خان امين‌السلطان صدر اعظم ايران دوباره ترميم شد. ¹ در آن زمان سه كتيبه سنگى در داخل حرم مطهر در سمت محراب شبستان آن ديده مى‌شد. در كتيبه اول چند حديث در فضايل اهل بيت عليه السلام و نام ميرزا بابا مستوفى گيلانى به عنوان تعمير كننده بقعه مقام رقيه به تاريخ 1125 قمرى ديده مى‌شد. در كتيبه دوم به مكان دفن ملك كامل ناصرالدين محمد كه در سال 880 قمرى در اين مكان مدفون شده بود اشاره و بر كتيبه سوم نيز چند بيت شعر نوشته شده بود. ²حرم مطهر حضرت رقيه عليها السلام قبل از تجديد بنا، مقبره‌اى كوچك بود كه در مدخل آن حياطى كوچك بود كه در وسط آن حوض آبى قرار داشت كه محل وضوى زائران به شمار مى‌رفت. قبر مطهر در داخل حرم مستطيل شكل درازى قرار داشت كه در سمت دست راست اين حرم درى كوچك تعبيه شده بود كه به داخل مسجد نسبتاً بزرگ‌ترى منتهى مى‌شد. اين مسجد محل اقامه نماز برادران اهل سنت بود و بعدها با تلاش علماى شيعه مستقر در سوريه، امامت اين مسجد به شيعيان واگذار شد و نمازهاى جماعت در اوقات شرعى درآن برپا مى‌شد. چون فضاى اين مكان گنجايش زوار را نداشت مرحوم شيخ نصراللّٰه خلخالى در صدد توسع مقبره و حرم مطهر برآمد، لذا خانه‌هاى اطراف را با كمك مردم نيكوكار محل خريدارى كرد ولى عده‌اى راضى نشدند و به همين منوال باقى بود تا در سال 1363 ه‍ . ش بنا به گفته حجةالاسلام فهرى، نماينده مقام معظم رهبرى در سوريه، با خريد آن خانه‌ها و پرداخت چندين برابر قيمت آن‌ها، امر پى‌ريزى بناى جديد حرم از سوى جمهورى اسلامى و با حضور مقامات سوريه آغاز شد و براى اطمينان بيشتر از استحكام بنا مسير رودخانه‌اى را كه در داخل بناى فعلى بود تغيير دادند و به طور كامل از ساختمان حرم دور ساختند، اين اقدامات تقريباً پنج ماه طول كشيد، سپس