526محراب فرورفته‌اى در جايگاه محراب پيامبر به وجود آوردند،بدين صورت كه ستونى ميان منبر و قبر در مرز مسجد نخستين قرار دادند و درون آن محراب را به وجود آوردند.
اين محراب را با سنگ مرمر رنگى تزيين نمودند و پنجرۀ آرامگاه را در جايگاه پيشين خود قرار دادند.ديوار غربى را از باب الرحمه تا باب السلام ساختند.همچنين منارۀ باب الرحمه را نيز بنا نمودند و ستونها را كوتاه كرده سپس نيم‌طاق‌هايى از سنگ بر آن ساختند و سپس سقفى از چوب بر آن بنا نمودند.مدرسه‌اى در كنار مسجد در فاصله ميان باب السلام و باب الرحمه ساختند كه اين مدرسه تاكنون بنام«مدرسۀ محموديه»باقى مانده است.
قايتباى در تعمير مسجد النبى حدود يكصد و بيست هزار دينار كه معادل 60000 جنيه بود،خرج كرد.هنگامى كه خلافت به عثمانيها رسيد و بر حرمين تسلط يافتند، پادشاهان مصر را به تعمير و رفع نيازهاى مسجد نبوى مأمور كردند.در سال 980 هجرى هم سلطان سليم دوم در مسجد پيامبر صلّى اللّه عليه و اله گنبد زيبايى را در غرب منبر نبوى كه مرز مسجد نخستين است و از سوى قبله ديده مى‌شود،ساخت.سپس اين گنبد را با كاشى كاريهاى نقش‌دار كه با آب طلا تزيين گرديده بود،زينت داد و بر روى آن نام خود را با خط زيباى ثلث نگاشت.
در سال 1233 ه.سلطان محمود گنبد شريف پيامبر را بنا كرد و سپس در سال 1255 ه.پس از ترميم مجدّد،رنگ سبز را براى آن انتخاب نمود.سپس ساختمان بزرگ مسجد النبى به وسيلۀ سلطان عبد المجيد عثمانى شروع شد كه آغاز آن از سال 1265 ه.و پايان آن در سال 1277 هجرى بود.
اين ساختمان از آنجا شروع شد كه شيخ حرم-مسجد النبى-داود پاشا،نامه‌اى به سلطان عبد المجيد نوشت و در آن متذكر گرديد كه نزديك به چهار قرن است مسجد تعمير اساسى نشده،به طورى كه قسمتهاى زيادى از آن رو به تخريب و ويرانى است.
بر اين اساس سلطان نماينده‌اى از سوى خود براى ديدن اين گزارشها از تركيه به مدينه گسيل داشت.زمانى كه براى او درستى گزارشها ثابت گرديد دستور تعمير و بناى مسجد را صادر نمود.ضمنا افرادى را براى تأمين سنگهاى مورد نياز مسجد و بريدن سنگ به