525بعضى از سقفها و ستونها و ديوارها و مناره‌هاى مسجد بود .در شب سيزدهم رمضان سال 886 ه.در آسمان،رعد و برق شديدى به وجود آمد كه مردم از شدت صداى آن از خواب بيدار شدند،صاعقه به هلال فراز منارۀ رئيسيه برخورد نمود و موجب مرگ رئيس مؤذنان كه در حال مناجات بود شد،آنگاه آتش به سقف مسجد سرايت كرد و سپس تمامى مسجد را دربر گرفت شعله‌هاى آتش آنچنان بالا مى‌رفت كه گاه شراره‌هاى آن به خانه‌هاى اطراف مسجد پرتاب مى‌گرديد.ديوار مسجد و بيشتر ستونهاى آن خراب گرديد.پنجره‌اى كه به اطراف آرامگاه پيامبر صلّى اللّه عليه و اله قرار داشت به همراه منبر،كتابها و قرآنها همه آتش گرفت.آتش همه جا را فرا گرفته بود جز آرامگاه شريف حضرت رسول صلّى اللّه عليه و اله و نيز گنبدى كه در وسط صحن قرار داشت،از آتش‌سوزى اول در امان ماند.در اين حادثه چندين ده نفر درگذشتند.خداوند آنان را رحمت كناد!چون خبر آتش‌سوزى به اشرف قايتباى رسيد،امير سنقر جمالى را براى تعمير مسجد النبى به مدينه فرستاد.
امير سنقر جمالى بيش از يكصد كارگر و وسائل لازم به همراه داشت.وى ساختمان خود را از مناره رئيسيه شروع كرد و آن را از نو بنا نهاد،سپس ديوار سمت قبلۀ مسجد و ديوار شرقى مسجد تا باب جبرئيل را تعمير كرد و مقدارى به عرض آن اضافه نمود.
همچنين محراب عثمانى را توسعه داد و پس از اتّصال ستونهاى اطراف محراب عثمانى به هم،بر روى آنها گنبدى قرار داد.بر روى ديوارهاى آرامگاه پيامبر صلّى اللّه عليه و اله گنبدى را بر روى سقفى كه بر آن ديوارها قرار داشت بنا نمود و گنبد ديگرى بر روى پايه‌ها و ستونهايى كه بدين منظور ساخته بودند،بنا كرد.بنابراين سمت شرقى،كمى تنگ شد پس به اندازۀ دو ذراع و ربع از ديوار مسجد بيرون رفتند و ستونى در رأس مثلث حجره ساخته و بر روى آن گنبد بزرگى قرار دادند؛به طورى كه سه گنبد كوچك يكى ميان حجره و ديوار قبله و دو گنبد ديگر در برابر درون باب السلام آن را احاطه نمود.درب باب السلام را با مرمرهاى سياه و سفيد ساختند و همانند محراب عثمانى آن را تزيين نمودند.مرمرهاى آرامگاه شريف پيامبر صلّى اللّه عليه و اله را تجديد نموده و اطراف آن و ديوار قبله را نيز مرمت كردند و منبر تازه‌اى براى آن ساختند و اتاقك مؤذنان را از مرمر بنا كردند و سطح زمين قسمت پيشين مسجد را پايين آوردند به طورى كه با زمين مصلاى پيامبر هم سطح گرديد و