91در صحن مسجد سوخت ¹عبداللّٰه بن منتصر در اين باره به مستعصم نامه نوشت و او در سال 665 مسجد را نوسازى كرد.

به سال 678 قلاوون براى مسجد گنبد ساخت.به سال 813 الملك الاشراف برساباى و به سال 853 ملك ظاهر برقون در آن تعميرات ديگرى كردند.

در سال 866 بر اثر صاعقه‌اى جانب بيرونى روضۀ مطهر آسيب ديد،اما خود روضه مصون ماند. ²از آن روزگار شعرهايى‌از شاعران مذاهب اسلامى در دست است كه هر دسته به گمان خود مى‌خواسته است شومى اين حادثه را در نتيجۀ بدعتِ دستۀ ديگر بداند.بارى چون خبر آتش سوزى به قايتباى پادشاه مصر رسيد بنايان و معماران مخصوص را به مدينه فرستاد و آنان مسجد را نوسازى كردند.بر بالاى گنبد پيشين گنبدى بلندتر برآوردند.

در سال 980 سلطان سليم تعميراتى ديگر انجام داد و در سال 1223 سلطان محمود گنبد را نوسازى كرد.در سال 1255 آن را به رنگ سبز نمود و بدين جهت به«قبةالخضرا»موسوم شده است. ³

نوشته‌اند سلطان عبدالمجيد مبلغ يك ميليون ليرۀ عثمانى