90مسجد بودبهخاك سپردند.پس از رحلت رسولخدا،مدتى در مسجد تغييرى صورت نگرفت.چه،مىگفتندچون پيغمبر خود در ساختمان اين مسجد شريك بود،تصرف در آن روانيست،سرانجام ضرورت،آنان را بدين تغيير واداشت.كسانى كه در كنار مسجد سكونت داشتند خانههاى خود را بخشيدند و بر وسعت مسجد افزوده شد.
نخستين تغيير در عهد عمر بهسال هفدهم از هجرت صورت گرفت.عمر ديوار مسجد را نوسازى كرد.بعض ستونها را تغيير داد و اندكى از سه سمت غرب،شمال و جنوب به مساحت مسجد افزود.(سال هفدهم هجرى) در خلافت عثمان در سال بيست و نهم هجرى مسجد را از چهار جهت وسعت دادند.و رواقها از جانب شرق و شمال و سمت قبله براى آن ساختند.
در خلافت وليد بن عبدالملك،عمر بن عبدالعزيز از جانب وى حاكم مدينه بود،مسجد را از سوى شمال و غرب و شرق وسعت داد.خانههاى زنان پيغمبر را داخل مسجد كرد.
براى مسجد چهار مئذَنه ساخت و صحن آن را با سنگ مرمر فرش كرد.اين نوسازى از سال هشاد و هشت تا سال نود و يك هجرى ادامه داشت.به سال 160 تا 165 هجرى مهدى عباسى ديگر بار در نوسازى آن كوشيد.
شب جمعه اول رمضان سال 654 بر اثر شعلۀ يكى از چراغها،مسجد آتش گرفت و سراسر آن جز قبهاى