304او براى دعوت مردم به برادرش امام رضا(ع) خروج كرد و مأمون نيز لشكرى براى مقابله با وى فرستاد و او را شكست داد و به بغداد آورد. سپس امام رضا(ع) از وى نزد خليفه شفاعت كرد و مأمون، او را رها كرد. ابن‌طقطقى ادامه داده است كه ابراهيم مرتضى، در بغداد از دنيا رفت و قبرش، نزديك قبر پدرش، در مقابر قريش قرار دارد و داراى مقبره مستقل و شناخته شده‌اى است. ¹

با اين حال، سيد جعفر اعرجى (متوفاى 1332ه .ق) و محمدحسن آل‌ياسين معتقدند قبرى كه امروزه مردم، به عنوان قبر سيد مرتضى علم‌الهدى، بيرون آستان كاظمين زيارت مى‌كنند، در واقع، قبر ابراهيم مرتضى، فرزند امام موسى كاظم(ع) است. مستند اين دو نويسنده آن است كه به گفته برخى مورخان و مؤلفان شيعه، از جمله ابن‌عنبه، تابوت قبر سيدمرتضى، به كربلا انتقال يافت و كنار پدر و برادرش سيد رضى، به خاك سپرده شد. ²

گفتنى است به نوشته ابن طقطقى، موسى ابوسبحه، ³ فرزند ابراهيم مرتضى نيز در مقابر قريش بغداد، نزديك پدر و جدش امام كاظم(ع)، دفن شده است و ابن طقطقى، محل قبر وى را جست‌وجو كرده و آن را در راهروى حجره كوچكى از املاك «مبارك جوهرى هندى»، ⁴ يافته است. ⁵

به‌جز ابراهيم مرتضى، مورخان و نويسندگان، از دفن فرزند ديگرى از فرزندان