35در وسط فضاى دوم بقعه، ضريح بسيار زيبا و با شكوهى، با طرح ضريح منور امام رضا(ع) نصب است كه به ابهت و عظمت بنا افزوده است. كتيبه‌اى كه از ساخت ضريح به‌دست هنرمندان اصفهانى در سال 1383ه .ش خبر مى‌دهد، بر در ورودى آن نصب شده است.
دور ضريح مطهر و روى ميناكارى آن، اشعارى در مدح امامزاده زينب خاتون نوشته شده كه اشعار آيتى، نويسنده بهارستان است.
ازاره بنا تا 150 سانتى‌متر، با سنگ‌هاى تراوتن و ابروباد مشكى و خاكى تزيين شده و باقى‌مانده آن گچ‌كارى است. 1
بر فراز بقعه، گنبدى مرتفع به قطر 11 و ارتفاع بيش از 20 متر و به صورت شلجمى قرار دارد كه در ساقه آن، هشت پنجره به‌عنوان نورگير تعبيه شده است. اين گنبد از داخل، به صورت عرقچينى و به ظاهر دو پوسته است. نماى خارجى گنبد، با رنگ آبى آسمانى نقاشى شده است.
دو صحن متصل به يكديگر، به مساحت حدود هزار متر مربع كه سه در و چندين رواق دارد، در سمت جنوب غربى بقعه ساخته شده است.
در پايين بقعه، زائرسرايى بزرگ در سه طبقه ساخته شده كه دو طبقه آن، 29 اتاق و يك سالن بزرگ در طبقه سوم دارد.