25 طاق‌نماى محراب ديده مى‌شود.
سبب توجه و كوشش سعيد پاشا براى بازسازى اين بنا، آن بود كه برادرزاده او محمد پاشا (متوفاى1270ه .ق)، فرزند عباس پاشا، خديوى مصر، در اين مسجد دفن گرديد. وى نزد عرب‌هاى بدوى ساكن منطقه‌اى از قبيله عنزه، هنگام آموختن سواركارى، درگذشت. روى سنگ قبر او كه در دوره اخير مفقود شد، متن زير نوشته شده بود:
امسيت ضيف‌الله في دارالهنا
هذا قبر محمد باشا ابن المرحوم عباس باشا وصى عرش مصر توفى فى 9 ذى‌الحجة من عام 1270ه .ق. 2
سقف بنا در دو يا سه دهه اول قرن 20 ميلادى، در پى حادثه كشته شدن «على الحجى المقداد»، رئيس بصرى در آن زمان، ويران گرديد. پيش از اين حادثه نيز يك بار ديگر وهابيان آن بنا را خراب كرده بودند. 3 در چند دهه اخير، سقف مسجد و گنبد صحن مدرسه، دوباره بازسازى شده است.
گفتنى است در فاصلۀ چند صد مترى جنوب غربى مسجد، كليسايى تاريخى از دوره بيزانس وجود دارد كه امروزه به نام كليساى بحيرا شناخته مى‌شود و اهالى بصرى آن را محل ديدار بحيراى راهب با حضرت محمد(ص) در كودكى ايشان مى‌دانند. البته مورخان، موقعيت دير بحيرا را در نقاط ديگرى ذكر كرده‌اند. به گفته «ابن‌عساكر»، بحيرا در روستايى در شش ميلى بصرى به نام «كَفَر»، كه به دير بحيرا شناخته مى‌شده،