156 كنونى مسجد از آثار دوره ايوبى است ¹ و كتيبه‌هايى نيز در آن وجود دارد كه بيانگر بازسازى بخش‌هاى مختلف آن در دوره مملوكى است. ²

نماى كلى مسجد شامل صحن وسيع مركزى، شبستان بزرگ اصلى در جنوب آن و يك شبستان زمستانى كوچك در شمال آن است. دو ورودى اصلى مسجد، در ضلع شرقى و غربى صحن قرار دارد. در زاويه شمال غربى مسجد، مناره مربع مرتفعى وجود دارد كه از نظر معمارى، از مناره مسجد جامع حلب الگو گرفته است. ميان صحن، دو گنبد كوچك وجود دارد كه يكى از آنها، وضوخانه است. شبستان مسجد، داراى هشت ورودى به صحن مسجد است و از داخل با رديفى از ستون‌هاى سنگى مربع، به دو بخش تقسيم شده است. همچنين شش گنبد در دو رديف، در بخش مركزى آن به چشم مى‌خورد.

جايگاه منسوب به سر امام حسين(ع)، در سمت شرقى ديوار جنوبى صحن، ميان ورودى هفتم و هشتم شبستان مسجد، براساس شمارش آنها از سمت غرب، قرار دارد. اين جايگاه شامل طاقچه كوچكى است كه زير آن، يك حوض سنگى وجود دارد. پيش‌تر در حوض دو شير آب براى وضو: يكى داخل شبستان، و ديگرى در صحن قرار داشته است. همچنين در گذشته از اين طاقچه، آب به حوض سنگى سرازير مى‌شده، و سپس به حوض ميان صحن انتقال مى‌يافته است. ³ در حال حاضر شيرآب‌ها برداشته، و گويا به منظور جلوگيرى از زيارت اين جايگاه يا روشن كردن شمع در آن، روى طاقچه، يك پنجره مشبّك آهنى كوچك نصب شده است. (تصوير 76)

«محمد سليم جندى» (متوفاى 1375 ه .ق)، صاحب تاريخ معرةالنعمان، در انتساب اين جايگاه به امام حسين(ع) ترديد كرده و نوشته است كه گروهى از ايرانيان را ديده