132له سبعة أولاد، أجلهم وأعظمهم ابنه الإمام جعفر بن محمد الصادق عليه السلام، وبه يكنَّى، وعبد الله بن محمد، وأمهما أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر، وإبراهيم وعبيد الله، وعلي، وزينب، وأم سلمة، وقيل: إن للإمام الباقر عليه السلام بنتاً واحدة فقط، هي زينب التي تكنى بأم سلمة.
له قبر معروف في البقيع بالمدينة المنورة بجانب قبر أبيه الإمام زين العابدين عليه السلام، وقبر عمّه الإمام الحسن عليه السلام، وقبر ابنه الإمام جعفر الصادق عليه السلام، وقبر جدّته فاطمة بنت أسد عليها السلام، فما أعظم
وأجل هذه البقعة الشريفة عند الله تعالى.
بعض ما قيل في الثناء عليه:
قال الذهبي: أبو جعفر الباقر محمد بن علي بن الحسين، الإمام الثبت الهاشمي العلوي المدني، أحد الأعلام... وكان سيّد بني هاشم في زمانه، اشتهر بالباقر من قولهم: «بَقَرَ العلم» يعني: شَقَّهُ فعلم أصله وخَفيَّه. وقيل: إنه كان يصلي في اليوم والليلة مائة وخمسين ركعة، وعدّه النسائي وغيره من فقهاء التابعين في المدينة 1.
وقال: وكان أحد من جمع بين العلم والعمل والسؤدد والشرف والثقة والرزانة، وكان أهلاً للخلافة، وهو أحد الأئمة الاثني عشر الذين تبجّلهم الشيعة الإمامية، وتقول بعصمتهم ومعرفتهم بجميع الدين...
وقال: وشُهر أبو جعفر بالباقر مِنْ: بَقَرَ العلم، أي شقَّه، فعرف أصله وخفيَّه، ولقد كان أبو جعفر إماماً، مجتهداً، تالياً لكتاب الله، كبير الشأن... 2.
ثم قال: وقد عدّه النسائي وغيره من فقهاء التابعين بالمدينة، واتّفق الحفّاظ على الاحتجاج بأبي جعفر 3.