114خانواده رضاخان پيام داد: «اگر مسلمان هستيد، نبايد با اين وضع، در اين مكان مقدس حضور يابيد و اگر مسلمان نيستيد، باز هم حق نداريد [زيرا كافر نبايد وارد حرم شود]».

خانواده رضاخان، به پيام آيت الله بافقى توجهى نكردند و آن عالِم ربانى، خود، به حرم حضرت معصومه(عليها السلام) آمد و به خانواده رضاخان اخطار داد. همين برخورد، نزديك بود موجب قيام و شورش مردم ضد حكومت شاه شود.

شهربانى، به رضاخان اطلاع داد: «خانواده شما (همسر و دو دختر شما) به دستور روحانيان در اتاقى زندانى شده‌اند و به آنان اخطار شده كه حق ندارند بدون حجاب وارد حرم شوند». ازاين‌رو رضاخان با يك واحد نظامى به قم آمد و با چكمه وارد صحن مطهر شد و آيت الله بافقى را مورد ضرب و شتم قرار داد درحالى‌كه او با فرياد مى‌گفت: «يا امام زمان، به فرياد برس!» سپس به دستور رضاخان، آيت الله بافقى را مدتى زندانى و پس از آن به شهر رى تبعيد كردند. وى تا آخر عمر، زير نظر اداره آگاهى در تبعيد و همواره در حال عبادت بود تا از دنيا رفت.

گفتنى است آيت الله شيخ محمد تقى بافقى(رحمه الله)، در عصر مرجعيت «آيت‌الله العظمى شيخ عبدالكريم حائرى(رحمه الله)»، از مدرّسان معروف حوزه علميه بود و در سال 1322شمسى در تبعيدگاه خود (شهر رَى) از دنيا رفت. قبر شريفش در مسجد بالاسر و در كنار مرقد منور حضرت معصومه(عليها السلام) است.